Der noindex-Befehl ist ein wichtiges Instrument der Suchmaschinenoptimierung, denn Sie können darüber für jede einzelne Unterseite Ihrer Domain gezielt festlegen, ob diese gefunden werden soll oder nicht. So können Sie Seiten, die dem Nutzer bei seiner Suche keinen Mehrwert bieten, aus dem Index der Suchmaschinen ausschließen (z.B. HTML-Sitemaps, die Ergebnisse der seiteninternen Suchfunktion o.ä.). Sie können mit noindex aber auch Unterseiten mit sensiblen Daten, passwortgeschützte Kundenbereiche o.ä. davor schützen, über Suchmaschinen gefunden zu werden.
Auch Seiten mit doppelten Inhalten sollten mit Blick auf die Suchmaschinenoptimierung nicht immer indexiert werden: Sind sie mit noindex getaggt, nimmt Google sie nicht als Duplicate Content wahr, und die jeweiligen Unterseiten konkurrieren im Ranking nicht miteinander. Ein solches Vorgehen erweist sich z.B. bei den Kategorien von Online-Shops als sinnvoll, wenn sich Produkte nach verschiedenen Kriterien sortieren lassen und dadurch immer wieder Überschneidungen in den Suchergebnissen entstehen. Das können Sie durch den Ausschluss solcher Seiten über den Befehl nonindex verhindern, damit das Ranking Ihres Shops nicht unter dem Duplicate Content leidet. Damit dadurch die Relevanz dieser Seiten, die sie z.B. durch Backlinks besitzt, nicht verloren geht, setzen Sie stattdessen in solchen Fällen den so genannten Canonical Tag, der der Suchmaschine signalisiert, welche Seite in den Index aufgenommen werden soll.